Bioinformatica (Bari)

Il Laboratorio di Bioinformatica di Bari avvia l’attività di ricerca agli inizi degli anni ’80 simultaneamente alla nascita delle prime banche dati di biosequenze. Il gruppo vanta una comunità di ricercatori con preparazione scientifica multidisciplinare attivo in differenti settori della ricerca in bioinformatica con competenze nell’analisi dei dati e sviluppo di banche dati e software per studi di genomica funzionale,  trascrittomica e nutrigenomica. All’attività di ricerca il gruppo affianca professionalità dedicate alla gestione di infrastrutture informatiche, sviluppo e mantenimento di servizi di supporto alla bioinformatica, formazione, community building e networking a livello europeo e internazionale.

A questo riguardo dal 1988 il gruppo di Bioinformatica di Bari è responsabile del Nodo Nazionale Italiano EMBnet (The Global Bioinformatics Network), costituita su iniziativa del Laboratorio Europeo di Biologia Molecolare (EMBL) di Heidelberg (GE) nel 1989, partecipa alla governance di GOBLET (The Global Organisation for Bioinformatics Learning Education and Training), della COST Action ML4microbiome (CA18131, Statistical and machine learning techniques in human microbiome studies), e della Società Italiana di Bioinformatica (BITS).

TEMATICHE DI RICERCA

Progettazione e sviluppo di algoritmi specializzati per la elaborazione massiva di sequenze genomiche e trascrittomiche. 
Sviluppo di pipeline bioinformatiche per l’analisi di dati provenienti da sequenziamento massivo, in particolare per studi trascrittomici. 
Applicazioni di tecnologie di machine learning e data mining per lo sviluppo di software per il data discovery applicato a studi di tipo funzionale-predittivo. 
Sviluppo e manutenzione di portali web e applicazioni web per permettere alla comunità scientifica la fruizione pubblica dei software bioinformatici sviluppati.

Progettazione, sviluppo e manutenzione di banche dati biologiche specializzate, di sequenze di riferimento, di gestione biobanche e relative interfacce web per la loro pubblica consultazione, interrogazione ed estrazione dati.
Gestione ed integrazione di grandi quantità di dati biologici e clinici (BigData) mediante lo sviluppo e l’implementazione di data-warehouse, database federati e altre tecnologie di integrazione dati

Analisi di dati di trascrittomica (analisi dell’espressione differenziale, ricerca di varianti di splicing), genomica (ricerca di variazioni strutturali). Analisi di non-coding RNA e valutazione delle interazioni tra miRNA e geni target. Analisi funzionale di geni differenzialmente espressi.

Sviluppo di pipelines per l’analisi delle regioni seed dei miRNA e l’individuazione di analoghi funzionali fra miRNA di uomo e pianta. Analisi bioinformatiche per la predizione di siti target per miRNA, progettazione e sviluppo di database specializzati e analisi di gene network.

Analisi di dati NGS tramite tecniche di Intelligenza Computazionale, quali le reti neurali, gli algoritmi genetici, i sistemi basati su logica fuzzy. Particolare attenzione è data all’utilizzo di tecniche di XAI (eXplainable Artificial Intelligence).
Data discovery e gene network reconstruction tramite applicazioni di tecnologie di data mining e transfer learning per la caratterizzazione funzionale di ncRNA nella regolazione genica, pathway di segnalazione e malattie umane.

STAFF

Gisel Andreas

Ricercatore

Licciulli Flavio

Ricercatore

Liuni Sabino

Ricercatore Associato