Domenica D’Elia

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Biologa e Dottore di Ricerca in Biochimica e Biologia Molecolare in organico presso l'Istituto di Tecnologie Biomediche di Bari del CNR dal 2001, impegnata dal 1996 nel campo della ricerca Bioinformatica a livello nazionale e internazionale. Al momento ella ricopre le seguenti cariche: -Chair dell'Executive Board di EMBnet - The Global Bioinformatics Network dal 2016 (https://www.embnet.org/wp/); -Membro e Segretario dell'Executive Board di GOBLET - the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & Training dal 2019 (https://www.mygoblet.org/); -Management Committee Member della COST Action "Harmonising standardisation strategies to increase efficiency and competitiveness of European life-science research" (CHARME:CA15110) dal 2016 (-https://www.cost.eu/actions/CA15110/#tabs|Name:overview); -Leader del WP4 (Dissemination) della COST Action CHARME dal 2016; -Science Communication Manager della COST Action CHARME (CA15110); -Management Committee Member della COST Action "Statistical and machine learning techniques in human microbiome studies" (ml4microbiome:CA181319) dal 2019 (https://www.cost.eu/actions/CA18131/#tabs|Name:overview); -Membro della Committee "Short Term Scientific Mission" della COST Action CA18131 dal 2019; - WG Leader del WG4 - Dissemination della COST Action CA18131 da Luglio 2020; -Node Manager del Nodo Nazionale Italiano EMBnet, The Global Bioinformatics Network, dal 2006; -Membro dal 2006, e poi Chair della Project Committee "Publicity & Public Relations" di EMBnet dal 2010 al 2015; -Section Editor dell'EMBnet.journal (former EMBnet.news) dal 2006; -Editorial Board Member della rivista scientifica: Genomics, Pretomics and Bioinformatics (IF 6.615); -Membro della Società Italiana di Bioinformatica dal 2001; -Membro del Progetto Interdipartimentale del CNR Foresight (http://foresight.cnr.it/about-us) dal 2019.

Attività di ricerca Dal 1996 svolge attività di ricerca in bioinformatica per lo sviluppo di banche dati biologiche e strumenti di integrazione e analisi di dati omici. Tale attività ha portato alla produzione dei seguenti prodotti: MitBASE, Human MitBase, KeyNet, MitoDrome, MitoRes, UTRminer, the LIBI Grid platform, Molecular Biodiversity Laboratory DB, HOCCLUS2, ComiRNet, NonCode aReNA DB.
Dal 2008 la sua attività di ricerca è orientata allo sviluppo di strumenti bioinformatici basati sull'utilizzo di tecnologie di machine learning e data mining in collaborazione con il Dipartimento di Informatica dell'Università di Bari. Collabora con il CREA di Turi e l'Università di Bari, Policlinico, per lo studio degli effetti dell'uva da tavola sull'espressione di geni coinvolti nella risposta immunitaria e l'infiammazione cronica; e presso l'ITB collabora ad uno studio sugli effetti di miRNA di piante sull'espressione genica nell'uomo.

Aree di interesse:

Bioinformatica, Genomica Funzionale & Trascrittomica, Ricostruzione di Reti di Regolazione Genica, Regolazione Post-Trascrizionale dell'Espressione Genica, non-coding RNA, micro RNA

Altri nominativi:

Domenica D'Elia

Altri nominativi:

D'Elia, D.


Contatti

Telefono: +39 080 5929674
Fax: +39 080 5929690
Skype: domenicadelia
Recapito: CNR - Istituto di Tecnologie Biomediche, Via Amendola 122/D, 70126 Bari

Identificatori Internazionali

Scopus Author ID: 55760390600
Research Gate: Domenica_DElia2
Google Scholar: wBylt4AAAAAJ

Esperienze lavorative

Coordinatore Tecnico e Scientifico per la realizzazione dell' EU GMO Register at European Commission, European Committee Contract n° 17356-2000-12 F2SC ISP IT
Datore di lavoro: CNR - Consiglio Nazionale delle Ricerche - Via Amendola, Bari (IT)
Frequenza: 01/2000 - 12/2002

Coordinamento Tecnico e Scientifico delle attività correlate allo sviluppo del Registro Europeo di Organismi Geneticamente Modificati costituito da una banca dati integrata a strumenti di analisi per l'identificazione e il monitoraggio di OGM a supporto delle attività del Network Europeo dei laboratori OGM (European Commission grant - Contract n° 17356-2000-12 F2SC ISP IT)


Professore di Scuola Media Superiore
Datore di lavoro: Ministero dell'Istruzione, Istituto Statale Professionale per l'Industria e l'Artigianato "Luigi Santarella" - Via Gentile, Bari (IT)
Frequenza: 12/2000 - 06/2001

Insegnante di Scienze per il primo biennio


Borsa di Studio della Sigma-Tau
Datore di lavoro: sigma-tau

Collaboratore Esterno degli Enti di Ricerca
Datore di lavoro: CNR

Contratto a tempo determinato (triennale)
Datore di lavoro: CNR, Area della Ricerca di Bari, Istituto Mitocondri e Metabolismo Energetico


Attività

Partecipazione a progetti scientifici, campagne di rilevamento, commesse o moduli/attività/sottoprogetti

Modulo SV.P18.004.006 / Valorizzazione di applicazioni bioinformatiche e biotecnologiche per la genomica strutturale e funzionale

Ruolo: Responsabile del Modulo
Perodo di partecipazione all'attività: 01/2009 - oggi

Attività di coordinamento e promozione/organizzazione di iniziative di divulgazione della cultura scientifica in ambito biotecnologico e bioinformatico; organizzazione di conferenze, workshop e tutorial n ambito regionale, nazionale e internazionale; produzione di materiale pubblicitario e pubblicazione di rapporti tecnici relativi alle attività, competenze e risorse infrastrutturali dell'Istituto; attività di community building e networking a livello internazionale per favorire le collaborazioni scientifiche e i paternariati.

AllBio Project - Broadening the Bioinformatics Infrastructure to unicellular, animal, and plant science (KBBE.2011.3.6-02)

Ruolo: member
Perodo di partecipazione all'attività: 2012 - 2015
Organizzazioni coinvolte: CNR - CONSIGLIO NAZIONALE DELLE RICERCHE; CST - IT CENTER FOR SCIENCE, FINLAND; E.M.B.L. EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY; GB SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS; KAROLINSKA INSTITUTET; MAX PLANCK INSTITUTE FOR MOLECULAR GENETICS, BERLIN; RADBOUD UNIVERSITY; SVERIGES LANTBRUKSUNIVERSITET; UNIVERSITE LIBRE DE BRUXELLES; UNIVERSITY OF MANCHESTER; UNIVERSITÄT POTSDAM;

Partecipazione a gruppi di lavoro, commissioni o organismi

EMBnet Project Committee "Publicity & Public Relations"

Ruolo: Presidente di Commissione
Perodo di partecipazione all'attività: 06/2010 - 06/2015
Organizzazioni coinvolte: STICHTING EMBNET;

The main mission of the P&PR PC is to nurture and promote EMBnet's image at large. The P&PR PC is responsible for promoting any type of EMBnet activities, for the advertisement of products and services provided by the EMBnet community, as well as for proposing and developing new strategies aiming to enhance EMBnet's visibility, and to take care of public relationships with EMBnet communities and related networks/societies. Activities include the EMBnet web site development, management and content moderation; production of dissemination & publicity material (e.g., brochures, leaflet, posters, presentations); production of the monthly EMBnet.digests; sponsorship management.

Scientific Advisory Committee of Knowledge Transfer Programme for Bioinformatics (CPGR, South Africa)

Ruolo: Scientific peer advisory and project reviewer

The Advisory Committee serves to safeguard project integrity and ensure the quality of the expert matchmaking process on a voluntary basis.

KTP is a match-making platform that brings together seekers of expertise with providers of knowledge who are willing to share it in a project-based fashion. KTP is a first of its kind initiative, organised by the CPGR, to assist with identification and pairing of experts with individuals or organisations in need of filling/addressing knowledge gaps. More specifically, KTP has been devised to assist with building capacity in computational biology and Bioinformatics on the African continent, areas of expertise that are critical to effectively driving research and innovation in the data-heavy scientific domains of Genomics and Proteomics. The KTP initiative brings together experts and principal investigators in an effort to transfer knowledge in a project-based fashion.

Partecipazione a comitati di redazione (Editorial Board)

EMBnet.journal

Ruolo: Membro e segretario dell'Executive Editorial Board; Section Editor; Copy Editor
Perodo di partecipazione all'attività: 06/2006 - oggi
Organizzazioni coinvolte: STICHTING EMBNET;

Partecipazione al coordinamento scientifico; attività di coordinamento delle attività dell'EEB in qualità di segretario; attività di peer-review in qualità di Section Editor; copyediting dei manoscritti in qualità di Copy Editor.

EMBnet.journal is an international, open access, peer-reviewed journal, bringing the latest developments in bioinformatics research, education and training, together with practical user-guides, news, views, reportage and commentary, to the community. The Journal is the successor of EMBnet.news magazine, published by EMBnet between 1994 and 2009. Available online, and with printable Supplements, EMBnet.journal is a valuable reference for scientists and students needing practical information for tackling the bioinformatics challenges of modern, data-driven life science research.

Incarichi ad personam

Manager del Nodo Nazionale Italiano di EMBnet

Ruolo: Responsabile e Coordinatore delle attività dell'Istituto correlate alla sua funzione di Nodo Nazionale EMBnet
Perodo di partecipazione all'attività: 06/2006 - oggi
Organizzazioni coinvolte: STICHTING EMBNET;

EMBnet - The Global Bioinformatics Network (www.embnet.org) - è un network internazionale di bioinformatica fondato nel 1988 come rete di riferimento europea per la ricerca e la formazione in bioinformatica. Il network è costituito da una serie Istituti di Ricerca e Università rappresentati da professionisti impegnati nella ricerca e sviluppo di strumenti e servizi bioinformatici, e nella formazione a supporto della ricerca biologica e medica. Ogni Nodo EMBnet rappresenta un'unità operativa della rete a livello nazionale e ha il compito di operare secondo le finalità del network fornendo a livello locale una serie di servizi tra cui l'accesso alle risorse comuni della rete, il supporto per il loro utilizzo e la formazione in bioinformatica.


Formazione

Diagnostica Oncologica: Principi e Metodi di Applicazione delle Tecniche morfometriche ed immunoistochimiche
Corso di formazione
Università degli Studi di Bari, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Area di Formazione Post Laurea, Corsi di Perfezionamento - P.zza Giulio Cesare nr.11 - 70124 Bari - Italia
Area disciplinare: Oncologia Clinica
Data conseguimento: 1998-12-04
Frequenza: 01/1997 - 12/1998

Scienze Biologiche
Laurea (Vecchio Ordinamento)
Università degli Studi di Bari Aldo Moro - Piazza Umberto I, 1, 70121 Bari
Area disciplinare: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Votazione: 110/110 cum Laude
Data conseguimento: 1991-02-15
Frequenza: 10/1984 - 12/1989
Tesi: Curvatura del DNA come sito d'interazione con proteine all'Ori-L del DNA mitocondriale di ratto

Dottorato di Ricerca in Biochimica e Biologia Molecolare
Dottorato
Università degli studi di Bari Aldo Moro - Piazza Umberto I, 1, 70121 Bari
Area disciplinare: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Tesi: Purificazione di due fattori proteici che interagiscono con regioni curve del DNA mitocondriale di ratto


Lingue

Produzione Comprensione
Scritta Orale Scritta Orale Note
Italiano - Conoscenza madrelingua o bilingue
Inglese - Conoscenza professionale

Competenze

BIOLOGIA MOLECOLARE E BIOINFORMATICA: BANCHE DATI BIOLOGICHE E ALGORITMI PER L'ANALISI DI DATI MOLECOLARI, ANALISI FUNZIONALI PER LO STUDIO DEI MECCANISMI DI REGOLAZIONE GENICA POST-TRASCRIZIONALE, ANALISI DI DATI DI TRASCRITTOMICA, INTERAZIONI MOLECOLARI E NETWORK DI REGOLAZIONE GENICA
CAPACITA' COMUNICATIVA E COMPETENZE IN: DISSEMINATION, COMMUNITY BUILDING, NETWORKING
CAPACITA' E COMPETENZE DIDATTICHE: INSEGNAMENTO DI BASE E AVANZATO IN BIOINFORMATICA E METODOLOGIE DI ANALISI MOLECOLARE FUNZIONALE

Research activities classification (ERC)

LIFE SCIENCES

Curriculum Vitae

CV Domenica D'Elia 2019 (eng)

Molecular Biologist and Bioinformaticians


Prodotti della ricerca

Milella, Rosa Anna; Gasparro, Marica; Alagna, Fiammetta; Cardone, Maria Francesca; Rotunno, Silvia; Ammollo, Concetta Tiziana; Semeraro, Fabrizio; Tullo, Apollonia; Marzano, Flaviana; Catalano, Domenico; Antonacci, Donato; Colucci, Mario; D'Elia, Domenica

Gene expression signature induced by grape intake in healthy subjects reveals wide-spread beneficial effects on peripheral blood mononuclear cells

(2020) in Journal of Functional Foods
Emanuele Pio Barracchia1 , Gianvito Pio1* , Domenica D'Elia3 and Michelangelo Ceci1,2,4

Prediction of new associations between ncRNAs and diseases exploiting multi-type hierarchical clustering

(2020) in BMC bioinformatics
Rosa Anna Milella a, **, Marica Gasparro a, Fiammetta Alagna a, 1, Maria Francesca Cardone a, Silvia Rotunno a, 2, Concetta Tiziana Ammollo b, Fabrizio Semeraro b, Apollonia Tullo c, Flaviana Marzano c, Domenico Catalano d, Donato Antonacci a, Mario Colucci b, Domenica D'Elia d, *

Microarray data and pathway analyses of peripheral blood mononuclear cells from healthy subjects after a three weeks grape-rich diet

(2020) in Data in brief
Flaviana Marzano, Mariano Francesco Caratozzolo, Arianna Consiglio, Flavio Licciulli, Sabino Liuni, Elisabetta Sbisa', Domenica D'Elia* , Apollonia Tullo* and Domenico Catalano

Plant miRNAs reduce cancer cell proliferation by targeting MALAT1 and NEAT1: a beneficial cross-kingdom interaction

(2020) in Frontiers in genetics
Hollmann, Susanne(1); Frohme, Marcus(2); Endrullat, Christoph(3); Kremer, Andreas(4); D'Elia, Domenica(5); Regierer, Babette(6); Nechyporenko, Alina(6)

Ten simple rules on how to write a standard operating procedure

(2020) in PLoS computational biology
Susanne Hollmann https://orcid.org/0000-0001-9032-20351,2, Andreas Kremer3, ?pela Baebler https://orcid.org/0000-0003-4776-71644, Christophe Trefois https://orcid.org/0000-0002-8991-68105, Kristina Gruden4, Witold R. Rudnicki6, Weida Tong7, Aleksandra Gruca8, Erik Bongcam-Rudloff9, Chris T. Evelo https://orcid.org/0000-0002-5301-314210,11, Alina Nechyporenko12, Marcus Frohme13, David ?afránek14, Babette Regierer https://orcid.org/0000-0002-5263-45532,15, Domenica D'Elia16

The need for standardisation in life science research - an approach to excellence and trust

(2020) in F1000Research
Domenica D'Elia1, Chris Evelo2,3, Babette Regierer 4,5, Susanne Hollmann 4,6

Standards Make The World Go Round

(2020) in EMBnet journal
Barracchia E.P.; Pio G.; D'Elia D.; Ceci M.

Prediction of New Associations between ncRNAs and Diseases Exploiting Multi-Type Hierarchical Clustering

(2020) SEBD 2020 -28th SYMPOSIUM ON ADVANCED DATABASE SYSTEMS, Villasimius, Sardinia, Italy, 21/06/2020, 21-24/06/2020
Javier De Las Rivas (1), Domenica D'Elia (2), Eija Korpelainen (3), Annette McGrath (4), Asif M. Khan (5), Michelle D. Brazas (6), Teresa K. Attwood (7), Celia Van Gelder (8)

GOBLET: fostering international collaboration for advanced Learning, Education and Training in Computational Biology and Bioinformatics

(2020) ISMB 2020 - 28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Virtual - Montreal (Canada), 13-16 July, 2020
Domenica D'Elia

GOBLET- The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & Training

(2020) ISCB 2020 - 28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Virtual - Montreal (Canada), 13/07/2020, 16/07/2020
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