Domenica D’Elia

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Biologa e Dottore di Ricerca in Biochimica e Biologia Molecolare in organico presso l'Istituto di Tecnologie Biomediche di Bari del CNR dal 2001, impegnata dal 1996 nel campo della ricerca Bioinformatica a livello nazionale e internazionale. Al momento ella ricopre le seguenti cariche: -Chair dell'Executive Board di EMBnet - The Global Bioinformatics Network dal 2016 (https://www.embnet.org/wp/); -Membro e Segretario dell'Executive Board di GOBLET - the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education & Training dal 2019 (https://www.mygoblet.org/); -Management Committee Member della COST Action "Harmonising standardisation strategies to increase efficiency and competitiveness of European life-science research" (CHARME:CA15110) dal 2016 (-https://www.cost.eu/actions/CA15110/#tabs|Name:overview); -Leader del WP4 (Dissemination) della COST Action CHARME dal 2016; -Science Communication Manager della COST Action CHARME (CA15110); -Management Committee Member della COST Action "Statistical and machine learning techniques in human microbiome studies" (ml4microbiome:CA181319) dal 2019 (https://www.cost.eu/actions/CA18131/#tabs|Name:overview); -Membro della Committee "Short Term Scientific Mission" della COST Action CA18131 dal 2019; - WG Leader del WG4 - Dissemination della COST Action CA18131 da Luglio 2020; -Node Manager del Nodo Nazionale Italiano EMBnet, The Global Bioinformatics Network, dal 2006; -Membro dal 2006, e poi Chair della Project Committee "Publicity & Public Relations" di EMBnet dal 2010 al 2015; -Section Editor dell'EMBnet.journal (former EMBnet.news) dal 2006; -Editorial Board Member della rivista scientifica: Genomics, Pretomics and Bioinformatics (IF 6.615); -Membro della Società Italiana di Bioinformatica dal 2001; -Membro del Progetto Interdipartimentale del CNR Foresight (http://foresight.cnr.it/about-us) dal 2019.

Attività di ricerca Dal 1996 svolge attività di ricerca in bioinformatica per lo sviluppo di banche dati biologiche e strumenti di integrazione e analisi di dati omici. Tale attività ha portato alla produzione dei seguenti prodotti: MitBASE, Human MitBase, KeyNet, MitoDrome, MitoRes, UTRminer, the LIBI Grid platform, Molecular Biodiversity Laboratory DB, HOCCLUS2, ComiRNet, NonCode aReNA DB.
Dal 2008 la sua attività di ricerca è orientata allo sviluppo di strumenti bioinformatici basati sull'utilizzo di tecnologie di machine learning e data mining in collaborazione con il Dipartimento di Informatica dell'Università di Bari. Collabora con il CREA di Turi e l'Università di Bari, Policlinico, per lo studio degli effetti dell'uva da tavola sull'espressione di geni coinvolti nella risposta immunitaria e l'infiammazione cronica; e presso l'ITB collabora ad uno studio sugli effetti di miRNA di piante sull'espressione genica nell'uomo.

Aree di interesse:

Bioinformatica, Genomica Funzionale & Trascrittomica, Ricostruzione di Reti di Regolazione Genica, Regolazione Post-Trascrizionale dell'Espressione Genica, non-coding RNA, micro RNA

Altri nominativi:

Domenica D'Elia

Altri nominativi:

D'Elia, D.


Contatti

Telefono: +39 080 5929674
Fax: +39 080 5929690
Skype: domenicadelia
Recapito: CNR - Istituto di Tecnologie Biomediche, Via Amendola 122/D, 70126 Bari

Identificatori Internazionali

Scopus Author ID: 55760390600
Research Gate: Domenica_DElia2
Google Scholar: wBylt4AAAAAJ

Formazione

Diagnostica Oncologica: Principi e Metodi di Applicazione delle Tecniche morfometriche ed immunoistochimiche
Corso di formazione
Università degli Studi di Bari, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Area di Formazione Post Laurea, Corsi di Perfezionamento - P.zza Giulio Cesare nr.11 - 70124 Bari - Italia
Area disciplinare: Oncologia Clinica
Data conseguimento: 1998-12-04
Frequenza: 01/1997 - 12/1998

Scienze Biologiche
Laurea (Vecchio Ordinamento)
Università degli Studi di Bari Aldo Moro - Piazza Umberto I, 1, 70121 Bari
Area disciplinare: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Votazione: 110/110 cum Laude
Data conseguimento: 1991-02-15
Frequenza: 10/1984 - 12/1989
Tesi: Curvatura del DNA come sito d'interazione con proteine all'Ori-L del DNA mitocondriale di ratto

Dottorato di Ricerca in Biochimica e Biologia Molecolare
Dottorato
Università degli studi di Bari Aldo Moro - Piazza Umberto I, 1, 70121 Bari
Area disciplinare: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Tesi: Purificazione di due fattori proteici che interagiscono con regioni curve del DNA mitocondriale di ratto


Lingue

Produzione Comprensione
Scritta Orale Scritta Orale Note
Italiano - Conoscenza madrelingua o bilingue
Inglese - Conoscenza professionale

Competenze

BIOLOGIA MOLECOLARE E BIOINFORMATICA: BANCHE DATI BIOLOGICHE E ALGORITMI PER L'ANALISI DI DATI MOLECOLARI, ANALISI FUNZIONALI PER LO STUDIO DEI MECCANISMI DI REGOLAZIONE GENICA POST-TRASCRIZIONALE, ANALISI DI DATI DI TRASCRITTOMICA, INTERAZIONI MOLECOLARI E NETWORK DI REGOLAZIONE GENICA
CAPACITA' COMUNICATIVA E COMPETENZE IN: DISSEMINATION, COMMUNITY BUILDING, NETWORKING
CAPACITA' E COMPETENZE DIDATTICHE: INSEGNAMENTO DI BASE E AVANZATO IN BIOINFORMATICA E METODOLOGIE DI ANALISI MOLECOLARE FUNZIONALE

Research activities classification (ERC)

LIFE SCIENCES

Prodotti della ricerca

Susanne Hollmann https://orcid.org/0000-0001-9032-20351,2, Andreas Kremer3, ?pela Baebler https://orcid.org/0000-0003-4776-71644, Christophe Trefois https://orcid.org/0000-0002-8991-68105, Kristina Gruden4, Witold R. Rudnicki6, Weida Tong7, Aleksandra Gruca8, Erik Bongcam-Rudloff9, Chris T. Evelo https://orcid.org/0000-0002-5301-314210,11, Alina Nechyporenko12, Marcus Frohme13, David ?afránek14, Babette Regierer https://orcid.org/0000-0002-5263-45532,15, Domenica D'Elia https://orcid.org/0000-0003-3787-383616

The need for standardisation in life science research - an approach to excellence and trust

(2021) in F1000Research
Isabel Moreno-Indias1,2*, Leo Lahti3, Miroslava Nedyalkova4, Ilze Elbere5, Gennady Roshchupkin6, Muhamed Adilovic7, Onder Aydemir8, Burcu Bakir-Gungor9, Enrique Carrillo-de Santa Pau10, Domenica D'Elia11, Mahesh S. Desai12,13, Laurent Falquet14,15, Aycan Gundogdu16,17, Karel Hron18, Thomas Klammsteiner19, Marta B. Lopes20,21, Laura Judith Marcos-Zambrano10, Cláudia Marques22, Michael Mason23, Patrick May24, Lejla Pa?i?25, Gianvito Pio26, Sándor Pongor27, Vasilis J. Promponas28, Piotr Przymus29, Julio Saez-Rodriguez30, Alexia Sampri31, Rajesh Shigdel32, Blaz Stres33,34,35, Ramona Suharoschi36, Jaak Truu37, Ciprian-Octavian Truic?38, Baiba Vilne39, Dimitrios Vlachakis40, Ercument Yilmaz41, Georg Zeller42, Aldert L. Zomer43, David Gómez-Cabrero44 and Marcus J. Claesson45 on behalf of ML4Microbiome

Statistical and Machine Learning Techniques in Human Microbiome Studies: Contemporary Challenges and Solutions

(2021) in Frontiers in microbiology
Milella, Rosa Anna; Gasparro, Marica; Alagna, Fiammetta; Cardone, Maria Francesca; Rotunno, Silvia; Ammollo, Concetta Tiziana; Semeraro, Fabrizio; Tullo, Apollonia; Marzano, Flaviana; Catalano, Domenico; Antonacci, Donato; Colucci, Mario; D'Elia, Domenica

Gene expression signature induced by grape intake in healthy subjects reveals wide-spread beneficial effects on peripheral blood mononuclear cells

(2020) in Journal of Functional Foods
Emanuele Pio Barracchia1 , Gianvito Pio1* , Domenica D'Elia3 and Michelangelo Ceci1,2,4

Prediction of new associations between ncRNAs and diseases exploiting multi-type hierarchical clustering

(2020) in BMC bioinformatics
Rosa Anna Milella a, **, Marica Gasparro a, Fiammetta Alagna a, 1, Maria Francesca Cardone a, Silvia Rotunno a, 2, Concetta Tiziana Ammollo b, Fabrizio Semeraro b, Apollonia Tullo c, Flaviana Marzano c, Domenico Catalano d, Donato Antonacci a, Mario Colucci b, Domenica D'Elia d, *

Microarray data and pathway analyses of peripheral blood mononuclear cells from healthy subjects after a three weeks grape-rich diet

(2020) in Data in brief
Flaviana Marzano, Mariano Francesco Caratozzolo, Arianna Consiglio, Flavio Licciulli, Sabino Liuni, Elisabetta Sbisa', Domenica D'Elia* , Apollonia Tullo* and Domenico Catalano

Plant miRNAs reduce cancer cell proliferation by targeting MALAT1 and NEAT1: a beneficial cross-kingdom interaction

(2020) in Frontiers in genetics
Hollmann, Susanne(1); Frohme, Marcus(2); Endrullat, Christoph(3); Kremer, Andreas(4); D'Elia, Domenica(5); Regierer, Babette(6); Nechyporenko, Alina(6)

Ten simple rules on how to write a standard operating procedure

(2020) in PLoS computational biology
Domenica D'Elia1, Chris Evelo2,3, Babette Regierer 4,5, Susanne Hollmann 4,6

Standards Make The World Go Round

(2020) in EMBnet journal
Barracchia E.P.; Pio G.; D'Elia D.; Ceci M.

Prediction of New Associations between ncRNAs and Diseases Exploiting Multi-Type Hierarchical Clustering

(2020) SEBD 2020 -28th SYMPOSIUM ON ADVANCED DATABASE SYSTEMS, Villasimius, Sardinia, Italy, 21/06/2020, 21-24/06/2020
Javier De Las Rivas (1), Domenica D'Elia (2), Eija Korpelainen (3), Annette McGrath (4), Asif M. Khan (5), Michelle D. Brazas (6), Teresa K. Attwood (7), Celia Van Gelder (8)

GOBLET: fostering international collaboration for advanced Learning, Education and Training in Computational Biology and Bioinformatics

(2020) ISMB 2020 - 28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Virtual - Montreal (Canada), 13-16 July, 2020
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