Ingrid Cifola

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La mia attività di ricerca si inquadra nel settore della genomica tumorale ("cancer genomics") e dell'applicazione di tecnologie ad elevata processività, quali tecnologie di sequenziamento massivo (NGS) e piattaforme microarray ad alta densità, per la realizzazione di studi "omici" indirizzati alla medicina traslazionale. Ad oggi, lavorando in stretta collaborazione con gruppi di ricerca ospedalieri e universitari, ho applicato tali tecnologie per condurre analisi ad ampio spettro a livello genomico, trascrittomico e epigenetico in diversi tipi di tumori umani, tra cui carcinoma renale, melanoma cutaneo, leucemia acuta mieloide, leucemia linfoblastica acuta, neoplasie mieloproliferative e mieloma multiplo. Ho utilizzato tecnologie microarray ad alta densità per individuare aberrazioni cromosomiche, analizzare i profili di espressione genica e studiare il grado di metilazione dei promotori. Ho poi applicato tecnologie NGS per il sequenziamento dell'esoma (WES) o di set di geni d'interesse (target sequencing) per individuare mutazioni e/o aberrazioni genomiche strutturali, per l'analisi dell'espressione genica e l'identificazione di trascritti di fusione, geni "co-joined" e RNA circolari (RNA-seq), per l'analisi del contenuto in miRNA delle vescicole extracellulari rilasciate dalle cellule tumorali (small RNA-seq), per l'analisi trascrittomica a singola cellula di campioni tumorali (single-cell RNA-seq). Ho inoltre realizzato approcci integrati per combinare diverse tipologie di dati omici, ad esempio combinando i dati di profilo genomico e espressione genica, con lo scopo di avere un quadro più completo dei processi molecolari coinvolti nella tumorigenesi e individuare tra questi i geni più importanti e essenziali per la biologia del tumore. L'obiettivo ultimo degli studi da me condotti è contribuire ad espandere la conoscenza dei meccanismi molecolari che portano alla trasformazione neoplastica e alla progressione in senso maligno e riuscire ad individuare nuovi potenziali marcatori utili in ambito clinico per migliorare la diagnosi precoce dei tumori, o la predizione del decorso clinico del paziente, oppure da usare come bersagli molecolari per lo sviluppo di nuovi approcci terapeutici mirati. Un interesse particolare è rivolto agli approcci di "biopsia liquida" per una diagnosi non invasiva e precoce del tumore e il monitoraggio post-terapia del paziente. Queste sono le basi per la realizzazione della "medicina personalizzata" volta a massimizzare l'efficacia delle terapie riducendo al minimo effetti tossici e collaterali, così da migliorare le aspettative e la qualità di vita dei pazienti oncologici. Sono stata coinvolta in numerosi progetti di ricerca finanziati dal MIUR (COFIN, PRIN, FIRB), dalla fondazione CARIPLO e da AIRC. La mia attività scientifica è documentata da 35 pubblicazioni su riviste peer-reviewed internazionali (Scopus h 19).

Aree di interesse:

Applicazione di tecnologie ad elevato parallelismo per la caratterizzazione molecolare di patologie tumorali umane, tra cui carcinoma renale (RCC), melanoma, leucemia acuta mieloide (AML), leucemia linfoblastica acuta (ALL), neoplasie mieloproliferative (MPN), mieloma multiplo (MM). Applicazione di piattaforme microarray ad alta densità per analisi genomica di numero di copie, analisi di espressione genica e di miRNA, metilazione dei promotori. Applicazione di tecnologie di "next-generation sequencing" (NGS) per il sequenziamento dell'esoma o di set di geni candidati per l'identificazione di varianti a singolo nucleotide (SNV) e/o strutturali (CNV), per l'analisi dell'espressione genica e l'identificazione di trascritti di fusione, geni "co-joined" e RNA circolari (RNA-seq), per l'analisi del contenuto in miRNA delle vescicole extracellulari rilasciate dalle cellule tumorali (small RNA-seq), per l'analisi trascrittomica a singola cellula di campioni tumorali (single-cell RNA-seq).


Contatti

Telefono: +39-02-26422705
Recapito: Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB), CNR, via F.lli Cervi 93, 20090 Segrate (MI)
Pec: ingrid.cifola@pec.it

Identificatori Internazionali


H-index

Google Scholar H-Index: 21
Scopus H-Index: 19

Curriculum Vitae


Prodotti della ricerca

Tolomeo, Doron; Agostini, Antonio; Macchia, Gemma; L'Abbate, Alberto; Severgnini, Marco; Cifola, Ingrid; Frassanito, Maria Antonia; Racanelli, Vito; Solimando, Antonio Giovanni; Haglund, Felix; Mertens, Fredrik; Storlazzi, Clelia Tiziana

BL1391: an established cell line from a human malignant peripheral nerve sheath tumor with unique genomic features

(2021) in Human cell
Parafioriti A.; Cifola I.; Gissi C.; Pinatel E.; Vilardo L.; Armiraglio E.; Di Bernardo A.; Daolio P.A.; Felsani A.; D'Agnano I.; Berardi A.C.

Expression profiling of microRNAs and isomiRs in conventional central chondrosarcoma

(2020) in Cell Death Discovery
Loredana Guglielmi 1,+, Marta Nardella 2,+, Carla Musa 3,+, Ingrid Cifola 1,+, Manuela Porru 4, Beatrice Cardinali 3, Ilaria Iannetti 3, Chiara Di Pietro 3, Giulia Bolasco 5, Valentina Palmieri 6,7, Laura Vilardo 1, Nicolò Panini 8, Fabrizio Bonaventura 3, Massimiliano Papi 6,7, Ferdinando Scavizzi 3, Marcello Raspa 3, Carlo Leonetti 4,?, Germana Falcone 3,?, Armando Felsani 9,? and Igea D'Agnano 1,*,?

Circulating miRNAs in Small Extracellular Vesicles Secreted by a Human Melanoma Xenograft in Mouse Brains

Loredana Guglielmi 1,+, Marta Nardella 2,+, Carla Musa 3,+, Ingrid Cifola 1,+, Manuela Porru 4, Beatrice Cardinali 3, Ilaria Iannetti 3, Chiara Di Pietro 3, Giulia Bolasco 5, Valentina Palmieri 6,7, Laura Vilardo 1, Nicolò Panini 8, Fabrizio Bonaventura 3, Massimiliano Papi 6,7, Ferdinando Scavizzi 3, Marcello Raspa 3, Carlo Leonetti 4,?, Germana Falcone 3,?, Armando Felsani 9,? (2020) in Cancers (Basel)
Daniela Gaglio 1,2, Marcella Bonanomi 2,3, Silvia Valtorta 1,2,4, Rohit Bharat 23, Marilena Ripamonti 1,2, Federica Conte 2,5, Giulia Fiscon 2,5, Nicole Righi 2,3, Elisabetta Napodano 1,2, Federico Papa 2,5, Isabella Raccagni 1,2,6, Seth J Parker 7,8, Ingrid Cifola 9, Tania Camboni 9, Paola Paci 2,5,10, Anna Maria Colangelo 2,3, Marco Vanoni 2,3, Christian M Metallo 7,8, Rosa Maria Moresco 1,2,4, Lilia Alberghina 2,3

Disruption of redox homeostasis for combinatorial drug efficacy in K-Ras tumors as revealed by metabolic connectivity profiling

(2020) in Cancer & metabolism
Bombelli, Silvia; Torsello, Barbara; De Marco, Sofia; Lucarelli, Giuseppe; Cifola, Ingrid; Grasselli, Chiara; Strada, Guido; Bovo, Giorgio; Perego, Roberto A.; Bianchi, Cristina

36-kDa Annexin A3 Isoform Negatively Modulates Lipid Storage in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Cells

(2020) in The American journal of pathology (Print)
Cupaioli FA, Di Nanni N, Pelucchi P, Cifola I, Villa L, Raggi ME, Milanesi L, Mosca M, Mezzelani A

Linked read sequencing reveals new genetic variants in autism

(2020) Neurogenetics, Nature Conferences, Virtual (Covid19), 29/07/2020
Tirone, Mario; Giovenzana, Anna; Vallone, Arianna; Zordan, Paola; Sormani, Martina; Nicolosi, Pier Andrea; Meneveri, Raffaela; Gigliotti, Carmen Rosaria; Spinelli, Antonello E.; Bocciardi, Renata; Ravazzolo, Roberto; Cifola, Ingrid; Brunelli, Silvia

Severe Heterotopic Ossification in the Skeletal Muscle and Endothelial Cells Recruitment to Chondrogenesis Are Enhanced by Monocyte/Macrophage Depletion

(2019) in Frontiers in immunology
Gemma Macchia, Marco Severgnini, Stefania Purgato, Doron Tolomeo, Hilen Casciaro, Ingrid Cifola, Alberto L'Abbate, Anna Loverro, Orazio Palumbo, Massimo Carella, Laurence Bianchini, Giovanni Perini, Gianluca De Bellis, Fredrik Mertens, Mariano Rocchi and Clelia T. Storlazzi

The Hidden Genomic and Transcriptomic Plasticity of Giant Marker Chromosomes in Cancer

(2018) in Genetics (Austin Tex., Online)
Cindy Buffone1, Alicia Martinez-Lopez1, Thomas Fricke1, Silvana Opp1, Marco Severgnini2, Ingrid Cifola2, Luca Petiti2, Stella Frabetti3, Katarzyna Skorupka4, Kaneil K. Zadrozny4, Barbie K. Ganser-Pornillos4, Owen Pornillos4, Francesca Di Nunzio3+ and Felipe Diaz-Griffero1+

Nup153 Unlocks the Nuclear Pore Complex for HIV-1 Nuclear Translocation in Non-dividing Cells

(2018) in Journal of virology (Online)
Romano, Oriana; Cifola, Ingrid; Poletti, Valentina; Severgnini, Marco; Peano, Clelia; De Bellis, Gianluca; Mavilio, Fulvio; Miccio, Annarita

Retroviral Scanning: Mapping MLV Integration Sites to Define Cell-specific Regulatory Regions.

(2017) in Journal of visualized experiments
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